Устанавливаем cargo (toolchain для rust)

curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh

Проверить, что все установлено и работает можно так (придется перезапустить терминал)

cargo --version

Устанавливаем obsidian-export

cargo install obsidian-export

Проверяем, что все установилось

obsidian-export --version

Конвертируем:

obsidian-export /my/obsidianVault/path /path/to/commonMarkdown/notes